В уездном городе Царевококшайске не было музея, хотя здесь ещё в 1917 году имелись учительская семинария, 2 гимназии, ремесленная школа, несколько начальных школ, 2 библиотеки, театральные кружки, передвижной кинотеатр, монастырь со своей фотолабораторией, причём город ещё в конце XIX века уверенно занимал первое место в Казанской губернии по уровню грамотности населения.
О необходимости его открытия много говорили представители местной интеллигенции. Задача немедленного создания Марийского национального музея ставилась на Первом и Втором Всероссийских съездах народа мари (1917 и 1918 годы). Такая возможность появилась после установления советской власти, когда создание и развитие сети музеев по всей стране стало делом государственной важности. Политика правительства Советской России требовала развития музеев как составной части культурной революции. Возглавил музейное дело Народный комиссариат просвещения РСФСР (Наркомпрос РСФСР), в составе которого был создан Отдел по делам музеев и охране памятников искусства и старины. Большое значение имело создание в 1918 году Государственного музейного фонда – хранилища предметов музейного значения, вывозимых из экспроприированных дворцов и усадеб, дореволюционных учреждений, частных квартир. Из фонда пополнялись коллекции центральных и местных музеев.
7 сентября 1919 года благодаря инициативе и активной деятельности заведующего Козьмодемьянским уездным отделом образования (Козьмодемьянским уотобром), художника Александра Владимировича Григорьева в городе Козьмодемьянске был открыт музей на основе картин Волжско-Камской передвижной выставки. Так началась история «Малой Третьяковки на Волге» – Историко-художественного музея им. А.В. Григорьева. 18 сентября 1919 года Краснококшайский уотобр поручил приступить к сбору материала для уездного музея марийскому историку-краеведу, преподавателю Краснококшайских педагогических курсов Фёдору Егоровичу Егорову.
В музее намечалось создание научно-экспозиционных отделов: естественно-исторического, этнографического, политехнического, искусства и передвижных наглядных учебных пособий, также планировалось создание лаборатории по музейному делу. Началось приобретение предметов музейного значения (картин, минералов, препаратов), направлялись соответствующие запросы в музеи Казанской и других губерний. Представитель Краснококшайского уотобра Х. Я. Ахтямов в поисках музейных специалистов выехал в Петроград.
4 марта 1920 года по просьбе уездного Комитета комсомола коллегия Краснококшайского уотобра (зав. — Д. И. Романовский) приняла решение об организации Центрального уездного музея.
С этой целью из Петрограда прибыли агроном Пётр Алексеевич Зелецкий и зоолог Ядвига Грациановна Зелецкая. 13 марта 1920 года их концепция организации музейного дела в Краснококшайском уезде была одобрена внешкольным отделом уотобра.
Концепция предполагала создание сначала Центрального уездного музея естественно-исторического профиля с сельскохозяйственным отделом, а затем сети музеев районного профиля.
К этому времени был открыт небольшой музей в Кулле-Киминской волости (летом 1920 года волость перешла в состав Новообразованной Татарской АССР). П. А. Зелецкий стал заведующий музейной секцией Краснококшайского уотобра и сельскохозяйственным отделом музея, а его супруга Я. Г. Зелецкая — заведующей Центральным уездным музеем и естественно-историческим отделом этого музея.
Краснококшайский центральный уездный музей разместился в двух комнатах дома Суворова на улице Советской (к сожалению, здание не сохранилось). В течение нескольких дней был проведён ремонт помещения. Зелецкие подготовили для экспонирования схемы и таблицы по анатомии, ботанике, зоологии, агрономии, гербарии, препараты, скелеты, чучела птиц и животных, энтомологический материал, минералы, камни, а также картины, полученные из Государственного музейного фонда. Началось формирование музейной библиотеки.
Финансирование музея осуществлялось централизованно по линии Наркомпроса РСФСР через внешкольный подотдел Краснококшайского утотобра.
3 апреля 1920 года Краснококшайский Центральный уездный музей открылся. Работал он каждодневно, с 10 до 22 часов, без выходных, вход был свободным. В месяц в среднем принималось около 1 тысячи посетителей, в основном, это были дети школьного возраста и молодёжь. Первые сотрудники музея Пётр и Ядвига Зелецкие проводили публичные лекции, практические занятия, экскурсии, консультации. Наибольший интерес у посетителей вызывало знакомство с микромиром с помощью микроскопа "Reichert".
В июле 1920 года музей переехал в более просторное одноэтажное здание с мезонином на ул. Советской, где до этого размещалась школа. Экспонаты были выставлены в четырёх комнатах, в мезонине разместилась семья музейщиков. В августе 1920 года в музее был создан этнографический отдел, возглавил его местный краевед Ф. Е. Егоров.
Из-за тяжёлой послевоенной разрухи и массового голода в 1922—1924 годах музей, к сожалению, был закрыт. 5 декабря 1924 года произошло второе рождение музея. Для него выделили две аудитории Марийского педагогического техникума. Заведующим музеем был назначен краевед, преподаватель педагогического техникума Фёдор Егорович Егоров, заместителем — сельский учитель, этнограф Тимофей Евсеевич Евсеев. В июне — июле 1925 года была совершена первая научная экспедиция в истории музея. В ней участвовали Ф. Е. Егоров, Т. Е. Евсеев и известный марийский учёный В. М. Васильев. Они ездили к марийцам Юринского кантона Марийской автономной области и Яранского уезда Вятской губернии, собрали богатый этнографический материал. Тогда же Ф. Е. Егоров впервые в истории Марийского края провёл археологические раскопки.
С 8 декабря 1925 года по 23 января 1931 года Центральным марийским музеем руководил этнограф Тимофей Евсеевич Евсеев. Он не только выполнял функции заведующего, но и достаточно успешно занимался всеми направлениями деятельности музея: научными исследованиями, комплектованием, учётом и хранением фондов, экспозиционно-выставочной деятельностью, работой с посетителями, связями с общественностью, различными хозяйственными вопросами, текущим делопроизводством. На профессиональном уровне он владел мастерством фотографа. В результате экспедиций и научных командировок Т. Е. Евсеева музей пополнился богатым этнографическим и историко-культурным материалом. Основная часть этого материала ныне входит в золотой фонд Национального музея Республики Марий Эл им. Т. Евсеева.
Одной из главных проблем Центрального марийского музея было отсутствие собственного рабочего помещения. С 1924 года он размещался в здании Марийского педагогического техникума. Лишь в 1927 году музею предоставили отдельное здание − бывший флигель купцов Пчелиных (сейчас там находится церковь Воскресения Христова!).
К открытию музея в новом здании 7 ноября 1927 года была подготовлена выставка художественно-этнографических работ, посвящённая 10-летию Октябрьской революции. На выставке были представлены около 100 картин местных и приглашённых художников Е. Д. Атлашкиной, П. Т. Горбунцова, К. Ф. Егорова, Г. А. Медведева, П. А. Радимова, В. К. Тимофеева. Все эти картины, отображающие разные стороны жизни и быта народа мари, были переданы музею. Картины этих же авторов приобретались музеем и в последующем. В начале 1930-х годов их уже насчитывалось 283 единицы.
В 1931 году Т. Е. Евсеев был арестован по сфальсифицированному делу и выслан в Нижний Новгород. После этого Марийскому областному музею довольно долго не удавалось наладить нормальную работу. В июне 1932 года музей был переведён в другое здание – бывшую Троицкую церковь. Однако экспонаты все ещё оставались запа
С 15 апреля 1933 года Марийским областным музеем начал руководить выпускник Московского университета Пётр Ильич Лашманов (Пётр Ланов), марийский историк, этнограф, поэт (известен как автор текста песни «Ой, луй модеш», исполненной известным киноактёром Йываном Кырла в фильме «Путёвка в жизнь»). П. И. Лашманову удалось вдохнуть новую жизнь в деятельность музея. Здание музея было капитально отремонтировано, на первом этаже размещены экспозиции, посвящённые истории, культуре, природе и экономике Марийской автономной области, а на втором этаже в зале площадью 100 квадратных метров была устроена картинная галерея.
В апреле 1934 года Марийский областной музей из бывшей Троицкой церкви был переведён в другое здание − бывший второй дом Пчелина по улице Красноармейской, д. 6. В 1935 году при директоре Петре Тимофеевиче Кочетове (1885–1937), известном деятеле революционного движения Марийского края, вернулся из ссылки в свой родной музей Тимофей Евсеев. Он работал в должности заместителя директора. П. Т. Кочетов тяжело болел, поэтому фактически руководителем музея в 1935–1936 годах был Т. Е. Евсеев.
25 сентября 1937 года Тимофея Евсеева арестовали и, предъявив выдуманные обвинения в «шпионаже» в пользу Финляндии, его расстреляли 11 ноября 1937 года, в один день с писателями Сергеем Чавайном, Шабдаром Осыпом, Олыком Ипаем, художником Константином Егоровым. Жена и семеро детей Тимофея Евсеева остались без кормильца.
Начавшаяся Великая Отечественная война 1941–1945 годов стала причиной почти полного сворачивания работы Научно-краеведческого музея Марийской АССР с июля 1941 года. Музейные предметы перевезли в село Вятское Ронгинского (ныне − Советского) района. Там они были размещены на втором этаже дома Суслопаровых. В 1943 году музей возобновил свою работу. Директор музея Александра Христиановна Фридрих, научные сотрудники Е. А. Кугуелова и И. А. Серебряный были подселены к сотрудникам МарНИИ в здание по адресу ул. Горького, 9, где разместились в одной комнате площадью 30 кв. метров (в остальных комнатах проживали рабочие промышленных предприятий города).
В период войны сотрудниками музея был собран богатый материал по участникам боевых действий и труженикам тыла, проводилась работа со школьными краеведческими кружками и местными краеведами, были организованы передвижные выставки, началось создание отдела «Великая Отечественная война и участие в ней Марийской АССР».
11 апреля 1946 года Научно-краеведческий музей Марийской АССР разместился в бывшем арестном доме по ул. Советская, 153. В нем музей нашёл окончательное пристанище и располагается здесь до сих пор. Здание было двухэтажным, состояло из 11 комнат общей площадью 386 кв. метров, имело печное отопление. В годы Великой Отечественной войны в нём находилось одно из структурных подразделений эвакуированного из Ленинграда Государственного оптического института, возглавляемого академиком С. И. Вавиловым.
Капитальный ремонт, который осуществляли вместе со строителями сотрудники музея во главе с директором А. Х. Фридрих, завершился летом 1946 года. Приём посетителей возобновился 26 ноября 1946 года. Действовало тогда три отдела: природы, социалистического строительства и Великой Отечественной войны. В январе 1947 года в музее появилась должность заведующего фондами. Первой на эту должность была назначена Мария Артемьевна Коробова.
В 1948–1953 годах директором музея был герой Великой Отечественной войны, уроженец деревни Мари-Возжай Удмуртской АССР Исаак Кириллович Искаков. С 1949 года музей стал носить другое официальное название − Марийский республиканский краеведческий музей. Сложилась структура отделов, просуществовавшая в неизменном виде более 30 лет. Действовали теперь три отдела: природы, дореволюционного прошлого и советского периода. Также была открыта художественная галерея. В сентябре 1949 года впервые по радио была проведена онлайн-трансляция «Экскурсия по залам музея». Впервые всё музейное собрание было разделено на две части − основной и научно-вспомогательный фонды. С конца 1949 года в музее началось составление научных паспортов.
В 1952 году музеем было выпущено первое самостоятельное издание – брошюра «Как организовать экскурсионно-туристический поход по родному краю» с приложением списка экскурсионно-туристических объектов Марийской АССР. Брошюра была составлена заместителем директора Б. В. Бабушкиным.
Марийский республиканский краеведческий музей положил начало археологическим исследованиям в Марийском крае. Первые раскопки были проведены заведующим музеем Фёдором Егоровичем Егоровым еще в 1925 году. В 1951–1952 годах впервые поле длительного перерыва заведующая отделом дореволюционного периода П. К. Вершинина и научный сотрудник МарНИИ Р. В. Чубарова произвели археологические исследования в Горномарийском и Юринском районах Марийской АССР. Марийский республиканский краеведческий музей вместе с МарНИИ и Институтом языка, литературы и истории Казанского филиала АН СССР стоял у истоков постоянно действующей Марийской археологической экспедиции, созданной в 1956 году. К 1960 году, по признанию специалистов, в Марийском республиканском краеведческом музее сформировалась одна из лучших археологических коллекций Поволжья.
В июне 1953 года директором музея стала опытный партийно-советский руководитель, бывший министр местной промышленности Марийской АССР Дина Ивановна Кузнецова. Одним из первых шагов нового директора было проведение при Марийском обкоме ВКП (б) совещания руководящих работников министерств, ведомств, предприятий и учреждений. Результатом совещания стала передача музею предприятиями республики образцов своей продукции. Впоследствии такая практика передачи краеведческому музею на безвозмездной основе своей продукции стала носить регулярный характер. Особо ценным подарком был ковер-портрет И. В. Сталина производства артели «Труженица», преподнесённый музею председателем Совета промысловой кооперации Марийской АССР А. И. Лежниным. Изначально ковёр готовили в качестве подарка И. В. Сталину ко дню его рождения в декабре 1953 года, но 5 марта 1953 года он умер, поэтому подарок так и остался в Марийской АССР. Сейчас этот великолепный ковёр с портретом Сталина, видами Марийского края и стилизованной марийской вышивкой экспонируется в Музее истории и археологии.
В 1925 году по Волге на двух больших баржах из юринского замка Шереметевых вывезли все оставшиеся там ценности. Они существенно обогатили экспозиции музеев Нижегородской области, в состав которой ранее входил посёлок Юрино. Тем не менее в 1940 году Горьковский краеведческий музей согласился передать часть имущества бывшего юринского Шереметевского замка в распоряжение Марийского научно-краеведческого музея. Однако начавшаяся в 1941 году Великая Отечественная война не позволила осуществиться этому. После войны переговоры с Горьковским музеем возобновились, и в 1956 году всё же удалось получить некоторые предметы, бытовавшие в имении Шереметевых в Юрино: оружие XVII–XIX веков, посуду, мебель, различные предметы роскоши. Сейчас они хранятся в фондах Национального музея Республики Марий Эл им. Т. Евсеева и экспонируются в Музее истории и археологии.
К концу 1950-х годов коллекции Марийского республиканского краеведческого музея уже не умещались в здании, построенном ещё в 1903 году. В 1960 году была проведена глубокая реконструкция здания: 8 марта торжественно заложили первый камень, а 19 ноября все намеченные работы уже были завершены. Строительные работы велись стройуправлением № 2 треста «Марийскстрой». Были пристроено южное крыло и достроен третий этаж, вследствие чего полезная площадь обновлённого здания музея составила 2 150 кв. м. (более чем в 5 раз больше прежней). Было приобретено много новой мебели и музейного оборудования. Коллектив музея принимал непосредственное участие в перемещении музейных ценностей и имущества, а также в уборке территории от строительного мусора, её благоустройстве и озеленении.
10 июня 1961 года был открыт первый филиал Марийского республиканского краеведческого музея − Дом-музей И.С. Ключникова-Палантая (ул. Л. Толстого, 25). В этом доме основоположник марийского профессионального музыкального искусства И. С. Ключников-Палантай прожил последний период своей жизни (1925–1926 годы). Большой вклад в открытие Дома-музея внесла Дина Ивановна Кузнецова, директор краеведческого музея. Под её руководством был проведён ремонт дома, приобретены и отреставрированы личные вещи и предметы композитора. Экспозицию оформлял Алексей Емельянович Сидоркин, первый научный сотрудник (фактически заведующий) Дома-музея.
После глубокой реконструкции и расширения здания музея в 1960 году целых 10 лет шла кропотливая работа по созданию новых экспозиций. В научном плане большую помощь оказывал Учёный совет музея, куда входили ведущие учёные республики. Оформлением занимались художники – члены Художественного фонда РСФСР. В 1970 году завершилось создание экспозиций всех отделов музея – дореволюционного прошлого, советского периода и природы. Заключительным этапом было открытие диорамы «Лоси», ставшей визитной карточкой музея. Диорама была создана художниками из Саратова В. П. Палимпсестовым и В. Т. Саморуковой.
В 1971 году Марийский республиканский научно-краеведческий музей отмечал свой 50-летний юбилей. Празднование было перенесено на более поздний срок, поскольку весь 1970 год в музее продолжались работы по созданию постоянных экспозиций. Торжественное собрание состоялось 25 июня 1971 года в здании Республиканского русского драмтеатра. Кроме представителей руководящих органов Марийской АССР музей поздравляли приехавшие в Йошкар-Олу руководители Государственного этнографического музея Эстонской ССР, Государственного музея Татарской АССР, Саранского краеведческого музея и других музеев страны. Музей наградили Почетной грамотой Президиума Верховного Совета МАССР. Директор музея А.А. Кашков, заведующий отделом природы Н.В. Иванов и заведующая отделом советского периода Э.Г. Чавайн получили Почетную грамоту обкома КПСС и Совета Министров МАССР, а заместитель директора Л.Г. Григорьева (самая первая из сотрудников музея) была удостоена звания заслуженного работника культуры Марийской АССР.
Музейный бум, охвативший нашу страну и весь мир в 1960–1980-е годы, отразился и на Марийском республиканском научно-краеведческом музее. В 1972 году произошло знаменательное событие – в музее побывал 100-тысячный посетитель. В этом качестве чествовали доярку совхоза «Семеновский» Г. А. Александрову. Ей вручили памятные сувениры и удостоверение на бесплатное посещение республиканского музея. Рекорд, не побитый до сих пор, был установлен в 1984 году – 232 043 человека! Наряду с традиционными способами привлечения посетителей (массовые мероприятия, дни открытых дверей, новые выставки, лекции, выступления в местной прессе, по радио, телевидению, печатные объявления, афиши и т. п.), практиковались и новые формы: заключались договора на посещение музея с предприятиями, издавались и распространялись буклеты, активно работали клубы при музее. Особенно большим авторитетом пользовался клуб «Знатоки города Йошкар-Олы», руководителем которого являлся известный марийский писатель, учёный-краевед К. К. Васин.
В 1980-е годы деятельность Марийского республиканского научно-краеведческого музея вышла за пределы страны. В 1981 году музей принял участие в экспонировании выставки «Наука и техника, экономика и культура Марийской АССР» в столице Монголии Улан-Баторе. В 1986 году Марийскому научно-краеведческому музею финскими коллегами была передана выставка «Финская народная культура». В 1987 году Музею истории города Сомбатхея (Венгрия) Марийским республиканским научно-краеведческим музеем была подарена выставка «Марийское народное искусство». В 1990 году состоялась марийско-эстонско-венгерская этнографическая экспедиция на территории Марийской ССР.
В 1990 году директором была назначена Мария Байрамовна Матукова, работавшая в музее с 1968 года. Время тогда было непростое. Новые исторические условия, в которых с начала 1990-х годов работали российские музеи, дали им огромные возможности, открыли яркие, весьма заманчивые перспективы. Но одновременно музеям пришлось столкнуться с серьёзными трудностями. Однако музей, возглавляемый М. Б. Матуковой, сумел отстоять свой высокий статус в обществе и адаптировался к сложным условиям. 4 августа 1992 года по её инициативе Марийский республиканский научно-краеведческий музей был переименован в Национальный музей Республики Марий Эл. Наш музей – первый в Российской Федерации, получивший статус «национального». Тогда же музею присвоили имя Тимофея Евсеева, внёсшего огромный вклад в его становление.