Национальный музей РМЭ им. Т. Евсеева создан 4 марта 1920 года, располагает уникальными коллекциями – более 228 тыс. единиц хранения. Самые ценные из них – Евсеевские коллекции (предметы марийского быта, костюмные комплексы, коллекции художественных произведений первых марийских художников 1920–1930-х годов), археологические коллекции по древнемарийской культуре VI−XIII вв.
Здание Музея истории и археологии уютно расположилось на набережной реки Малая Кокшага г. Йошкар-Олы и является частью современной городской архитектуры. 4 ноября 2015 года здесь был открыт Детский музейно-выставочный центр (Музей детства), с 2018 года располагаются экспозиции истории и археологии. Сегодня это образовательная и экспозиционно-выставочная площадка для развития детей и взрослых, проведения кукольных спектаклей, театрализованных представлений, концертов, мастер-классов, квест-экскурсий и др.
Культурно-выставочный центр «Благовещенская башня» торжественно открылся 12 июня 2018 года. 30 апреля 2021 года был переименован в Культурно-выставочный центр «Башня». Его можно назвать уникальным для Республики Марий Эл. Центр ориентируется на репрезентацию актуального искусства в среде современной молодежи и стремится показать Республику сквозь призму традиций и культур проживающих здесь народов глазами креативных молодых людей.
Музей народно-прикладного искусства открыт в 1999 году. Здание, в котором располагается музей, – одноэтажный деревянный дом с мезонином классического стиля, украшенного ажурной резьбой. Постройка датируется 1907 годом. До 1917 года дом принадлежал подрядчику земской управы П. Лоханову. Сегодня дом П. Д. Лоханова – историко-архитектурный памятник Республики Марий Эл и объект культурного наследия, охраняемый государством.
Музей истории Православия открыт 4 ноября 2016 г., в День народного единства и День образования Марийской автономной области. Он является филиалом Национального музея Республики Марий Эл имени Т. Евсеева.
1 ноября 2024 года в Йошкар-Оле состоялось открытие музейно-патриотического центра «Герои Отечества», структурного подразделения Национального музея Республики Марий Эл имени Т. Евсеева.
В 2023 году Президент России Владимир Владимирович Путин поручил обеспечить в стране создание музеев, посвященных событиям спецоперации на Украине и подвигам её участников. По поручению Главы Республики Марий Эл Юрия Викторовича Зайцева, с целью сохранения документальных свидетельств и различных материалов спецоперации, свидетельствующих о доблести наших воинов, в Йошкар-Оле был создан музейно-патриотический центр «Герои Отечества».
Помимо постояннодействующей экспозиции в центре располагаются: конференц-зал, зона мастер-классов, VR-зона. Для посетителей обустроен кинозал, медиатека, есть детская зона и место для проведения игр-реконструкций.
Дом-музей композитора И. С. Ключникова-Палантая (1886–1926) был организован по Приказу Министерства культуры РСФСР от 16 марта 1960 года как филиал Марийского республиканского краеведческого музея. Торжественное открытие музея состоялось 10 июня 1961 года, в год 75-летия со дня рождения композитора.